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miRNA芯片

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Affymetrix miRNA 芯片

产品描述信息

   microRNA (miRNA)是真核生物体内一类具有基因表达负调控功能的非编码小分子RNA。研究表明:miRNA在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病发生等生理过程中均发挥着重要的作用。

  研究人员利用miRNA芯片可以快速高通量的获得对照样本与实验样本的miRNA表达情况,从中筛选出差异表达的miRNA,并对这些差异表达的miRNA进行靶基因预测,为后续其功能的验证以及生物标志物的筛选奠定基础。

产品详细信息

 

技术流程

 


 

芯片介绍

 

  基于Affymetrix平台的miRNA 4.0芯片是一个强大的工具,有助于研究非编码RNA的作用及其在发育和生理机制中的参与程度。

芯片特色


n 全面可检测miRBase Release 20数据库中所有成熟的miRNA序列

n 分析简化可在同一张芯片上分析人类、小鼠、大鼠等所有物种的每一条miRNA

n 信息丰富提供宿主基因IDmiRNA靶基因和miRNA聚类信息

n 样本量低仅需低至130 ngRNAn 支持样本类型组织、细胞、全血、FFPE样本等

芯片内容

 

u 100% 覆盖miRBase v20数据库

u 30,424个成熟miRNA

u 5,214个人、小鼠、大鼠miRNA

u 1,996个人类snoRNA、scaRNA

 

u 3,770个探针专门针对人类、小鼠、大鼠前体发夹状序列设计

相关案例

 

研究背景:在软组织肿瘤中滑膜肿瘤大约占10%。而滑膜肿瘤最容易发生在年轻的成年人身上,一个特殊易位发生在18号染色体上的SYT基因和X性染色体上的SSX基因导致了肿瘤的发生和增殖。

实验材料:采集滑膜肿瘤活跃期和平缓期以及健康人和其他平滑肌肿瘤患者的血液样本。健康对照组(n = 5),滑膜肉瘤缓解期(n = 10)和活跃期(n = 5),恶性周围神经鞘瘤(N = 3),尤文氏肉瘤(n = 3)和脂肪肉瘤(n = 6)。

实验方法:利用AffymetrxmiRNA基因芯片对上述样本进行检测,然后用实时荧光定量PCR来进一步验证差异表达的miRNA

研究结果:芯片数据分析表明miR-99a-5pmiR-146b-5pmiR-148b-3pmiR-195-5pmiR-223-3pmiR-500b-3p  miR-505-3p在滑膜肿瘤患者中显著上调,推测7miRNA滑膜肿瘤的发生密切相关。研究人员进实验验证确定一个适合检测全血miRNA生物标志物来确定滑膜肿瘤,甚至还可以用来区别其他组织滑膜肿瘤。

 

参考文献

 Fricke A, Ullrich P V, Heinz J, et al. Identification of a blood-borne miRNA signature of synovial sarcoma[J]. Molecular Cancer, 2015, 14(1):1-13. 【点击下载原文】

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